Bereits der erste Blick in die Garnitzenklamm lässt beidseitig des Garnitzenbaches das typische Merkmal einer Klamm erkennen: die nahezu senkrechten Felswände. Hier liegt auch der Unterschied zu einer Schlucht, deren Wände weniger steil sind. Die Felswände bestehen aus hellgrauen Bänderkalken, das dominierende Gestein entlang des Geotrails. Knapp über dem Bach sieht man das zweite Hauptgestein: dunkelgraue Schiefer.
Die Entstehung der Klamm geht mit Sicherheit auf die letzte Eiszeit, die Würmeiszeit, zurück. Natürlich hat es schon vorher Bäche gegeben, aber Aussagen über deren Verläufe wären spekulativ. Mit dem Abschmelzen des letzten Gletschers vor ca. 20.000 Jahren fielen unvorstellbare Mengen an Schutt und Geröll an, die der Frost der Eiszeit produziert hatte. Dieser Schutt wurde mit dem Garnitzenbach ins Tal transportiert und verlieh ihm eine ungeheure schürfende Kraft (Erosionskraft). Tief hat er sich dadurch in das Gestein eingeschnitten.
In abgeschwächter Form wirkt die Erosionskraft des Wassers noch heute und tieft die Klamm weiter ein.